Το Άγιο Όρος αποτελεί αυτοδιοίκητο τμήμα του Ελληνικού κράτους, που υπάγεται πολιτικά στο Υπουργείο Εξωτερικών και θρησκευτικά στην Δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης.
Έχει εδαφικά διαιρεθεί σε είκοσι αυτοδιοίκητες περιοχές. Κάθε περιοχή αποτελείται από μία κυρίαρχη μονή και διάφορους άλλους μοναστικούς οικισμούς γύρω από αυτήν (σκήτες, κελλιά, καλύβες, καθίσματα, ησυχαστήρια).
Όλες οι μονές είναι Κοινόβιες, δηλαδή κοινή λειτουργία, προσευχή, στέγη, σίτιση και εργασία μεταξύ των μοναχών. Υπεύθυνος της κάθε μονής είναι ο Ηγούμενος που εκλέγεται από τους μοναχούς της μονής ισόβια. Οι Ηγούμενοι κάθε μονής αποτελούν την Ιερά Σύναξη και ασκούν την νομοθετική εξουσία.